Здравейте,
моля някой да даде насоки по задачата. Пробвах доста начина, както ще видите на кода. Пробах от String[] да ги променя думите на char[], тогава задачата се получава когато е въведена само една дума за проверка. Когато са въведени повече от една дума в масива char винаги става по дълъг от масива, който проверяваме и следва всяка въведена дума, дори да е еднаква с тази която сравнявам се зачита, че не са еднакви. https://pastebin.com/daxd3DnA
Оправих я задачата
Добавих words[i].split(""); и преместих всичко в for.